融资融券与股票质押融资的主要区别在于:一是融资的标的不同。第二，融资的目的不同。第三，抵押物不同。第四，资本融资的主体不同。第五，杠杆率不同于风险控制。第六，产品属性不同。第七，对机构投资者的影响不同。
第一，题材不同。
顾名思义，融资融券既可以用来融资，也可以用来融券。用融资的资金买股票会增强多方的实力，融资融券会增强空方的实力。所以融资融券是一把双刃剑，可以做多也可以做空。股票质押融资只能获得资金，不能做空。
第二，融资的目的不同。
这大概是两者最大的区别。在融资融券中，获得的资金通常必须用于购买上市证券，增强了证券市场的流动性，在一定条件下加速了证券市场的价值发现功能。股票质押融资则不同，获得的资金不能用于购买上市证券。当然，对于具体的融资主体，国家会对获得的资金用途有一定的要求。比如证券公司通过股票质押融资获得的资金，只能用于弥补流动性不足，不能挪作他用。可见，融资融券与资本市场的联系更为紧密，股票质押融资可能直接涉及资本市场和实体经济两方面。此外，还有一个与股票质押融资类似的概念，主要是指以非上市公司的股权提供担保来融资。
第三，抵押品不同
融资融券和股票质押融资都是对综合方的授信，所以都需要抵押物。在融资融券中，抵押品可以是股票，也可以是现金。股票质押融资则不同，它主要是以获取现金为目的，所以不可能用现金作为抵押物。其主要抵押品是证券，如上市公司股票、证券投资基金和公司债券。
第四，资本融资的主体不同
融资融券业务在不同国家采用不同的运作模式。例如，在美国的市场化分散授信模式和日本的专业化模式下，证券公司和证券金融公司是放贷的中介机构，但最终贷款人通常是银行。我国现行的运作模式规定，资金融通的直接主体是证券公司，即证券公司以自有资金和证券向客户借入并卖出证券；同时，建立了证券金融公司向证券公司提供再融资的制度。股票质押融资一般由银行、典当行等机构办理，资金融资的主体明显不同于融资融券。
动词 （verb的缩写）杠杆率不同于风险控制。
一般来说，融资融券比股票质押融资更可控。由于融资融券获得的资金或证券有专门的账户记录，监控其市值变化、衡量风险程度、要求追加保证金相对容易。而且融资融券的杠杆率可以根据情况调整。当市场整体风险不大时，杠杆率可以适当放大，反之亦然。股票质押融资的本质是质押贷款。虽然资金的使用可能受到限制，但监督起来显然要困难得多。当股票市值下跌时，借入债权的风险就会增加。
第六，产品属性不同
融资融券交易是一种标准化的产品，在交易规则和合约细节上都有明确具体的安排或规定。比如中国证券登记结算公司和第三方存管银行有专门账户登记相关股票和资金，可以方便查询，股票和资金的来龙去脉一目了然；融资融券可以使用的杠杆率有统一规定；融资资金的贷款成本不得低于同期金融机构贷款利率；融资买入的股票或融券可得的股票在一定范围内，等等。股票质押融资不是标准化产品，本质上体现的是一种民事合同关系，具体融资细节由双方约定。
七、对机构投资者的影响不同。
就个人投资者而言，如果融资的目的是买股票，融资融券和股票质押融资都可以达到同样的效果，但对机构投资者的影响是不同的。比如，对于证券公司来说，融资融券拓宽了业务收入渠道，是基于创新产品的利润增长点，而股票质押融资的盈利能力对于券商来说并没有改变，融资只能用于补充流动性不足。